I modsætning til den pludselige forstyrrelse, vi lige nævnte, opstår kronisk fordøjelsesproblem langsommere og har tendens til at vare i lang tid. Løs mave og vægttab er almindelige tegn. Det kan igen skyldes mange forskellige ting som ugunstige fødevarereaktioner, immunreaktioner og genetik.

Tyktarmen er en del af den store tarm, og når den bliver betændt, kaldes det colitis. Det er normalt meget karakteristisk, og de fleste katte viser de samme tegn - de ser ud som om, de akut har brug for at skulle af med afføring, de kan anstrenge sig for at få afføring, men ikke meget kommer ud, og et af de klassiske tegn på colitis er frisk blod og/eller slimet slim i afføringen.

For mere detaljeret information, læs denne artikel om colitis hos katte.

Som hos mennesker, når katte er forstoppede, har de svært ved at komme af med afføring, og de går måske på toilettet meget sjældnere. Forstoppelse kan skyldes mange ting. At spise knogler, fjer og pels kan gøre afføringen hård og svær at passere, tilstedeværelsen af meget hår, især hos langhårede katte, eller en langsom tarm kan også betyde, at afføringen er tør og svær at få ud. Nogle racer, som siameseren, er mere tilbøjelige til at have en mere langsom tarm end andre. Dette kan resultere i en tilstand kaldet megacolon.

Dette er en kompleks tilstand hos katte og kan være svær at diagnosticere pga. vage tegn. Disse tegn omfatter opkast, sløvhed og manglende appetit. Hos katte kan det komme og gå, og det går ofte hånd i hånd med andre problemer som fødevarereaktioner og inflammatoriske tarmsygdomme.

Katte kan reagere dårligt på visse fødevarer af flere grunde, og samlet kalder vi disse reaktioner for uønsket reaktioner på fødevarer. Sand fødevaresensitivitet er sjældnere, end folk tror, og de har tendens til at være forårsaget af proteiner i fødevarer såsom kylling, fisk og mælk. Fødevaresensitivitet kan forårsage opkast og løs mave samt hudproblemer som kløe og overdreven soignering.